@antartide:
puoi lanciarlo dove preferisci basta che includi il percorso completo del mapfile che vuoi passare all'eseguibile.
Ad esempio, ti sposti nella dir dove si trova shp2img e poi dai il comando
Code:
shp2img -m /percorso/mapfile.map -o /percorso/immagine_di_output.png (o .jpg, .gif, ecc)
in alternativa puoi copiare l'eseguibile nella stessa dir del mapfile, scegli tu, è uguale.

@Raffaele Moschillo:
mapserver supporta le proiezioni al volo, comunque se ci sono errori non dipende dall'srs. Prova anche tu ad usare un po' shp2img o a parsare il tuo mapfile al cgi di mapserver. Se ci sono errori di sintassi ti verrà indicata la riga precisa