allora prova a passare il mapfile direttamente al cgi e vedi se ti restituisce messaggi di errore

Code:
http://localhost/cgi-bin/mapserv.exe?map=metti il percorso del mapfile/mapfile.map&mode=map
Se non ci sono errori nel mapfile vedrai la tua mappa, in caso contrario ti verrà segnalato dove la lettura è stata interrotta per via di un errore.