Sinceramente non penso che la "validità scientifica" di un lavoro vada ricercata in un software. Il software effettua delle operazioni...

La conversione di coordinate avviene secondo delle trasformazioni (traslazioni, rotazioni, fattori di scala) che, a seconda del srs di partenza e di arrivo, sono più o meno complesse.

Dire che la trasformazione di coordinate effettuata da un certo software non ha fondamento può significare che le formule sono mal implementate nel codice (possibile ma poco probabile ormai...) o che i parametri stessi e le equazioni che entrano in gioco nelle trasformazioni di coordinate tra i vari sistemi di riferimento sono considerati senza fondamento.
E' questo che la tua collega intende?