Non ne sarei troppo convinto.
Sul D.M. 471 art. 10, comma 10 si scrive :
Ai fini soli della realizzazione e dell'esercizio degli impianti e delle attrezzature necessarie all'attuazione del progetto definitivo, e per il tempo strettamente necessario all'attuazione medesima, l'autorizzazione di cui al comma 9 (autorizzazione alla realizzazione degli interventi necessari per l'attuazione del progetto definitivo) sostituisce a tutti gli effetti le autorizzazioni, le concessioni, i concerti, le intese, i nulla osta, i pareri e gli assensi previsti dalla legislazione vigente...
Non credo che per i Siti di interesse nazionale, di cui l'Ente responsabile è il Ministero, funzioni diversamente.
Se L'Autorità di Bacino è stata chiamata in causa nelle conferenze di servizi per l'istruttoria e l'approvazione dei progetti, una volta che il progetto definitivo è approvato non vedo come possa contrastarlo in qualche modo.