si, pmwin è un'interfaccia di MODFLOW, MT3D, etc.

non so che intendi con 'disaccoppiato', ma mt3d risolve l'equazione del trasporto di inquinanti a partire dalla soluzione trovata da modflow per il flusso. quindi, se risolvi l'equazione del flusso includendo la densità, il calcolo di mt3d viene fatto automaticamente tenendo conto anche della densità.