Ciao keferro,
se utilizzi ArcMap, quando carichi il primo layer con il sistema di coordinate A, il dataframe acquisisce il sistema di coordinate del layer e quindi il sistema di coordinate A. Se vai a caricare un secondo layer con sistema di coordinate B, ArcMap dovrebbe farti la conversione on the fly, adattando il secondo file di coordinate B al primo di coordinate A senza cambiare il sistema di riferimento del layer con cordinate B.

Buon Lavoro
Raffaele