Per i grid c'è questo metodo:
http://www.gps.caltech.edu/gislab/howto/docs/ClipGrids.pdf

utilizza il raster calculator per tagliare il raster con uno shape poligonale.
Non so se funziona anche con i raster non grid... prova wink (e poi torna a dirci se ha funzionato o meno)

ciao