Anche se è un po' che non approccio queste problematiche tipiche del "gis desktop" penso di aver capito perché non riesci a seguire il suggerimento di geogaia.
Se la mia ipotesi è giusta l'inghippo sta nella digitalizzazione della carta geologica che molto probabilmente è stata fatta senza tenere conto delle regole topologiche.
Cerco di spiegarmi:
Un errore molto comune nella digitalizzazione è partire da una carta raster di base suddivisa per poligoni (come la carta geologica) e digitalizzarla creando direttamente dei poligoni vettoriali.
In questo modo si genera il problema della duplicazione dei lati dei poligoni stessi che poi, evidentemente, si muovono indipendentemente gli uni dagli altri lasciando dei "buchi" che poi ti tocca tappare spostando/allargando/stringendo altri poligoni in un circolo vizioso.
Il metodo corretto, invece, è digitalizzare degli archi (linee), spezzandoli ogni qual volta si incotrano con un altro arco in modo da arrivare a digitalizzare il profilo di tutti i poligoni presenti, costruendo una sorta di "rete".
Una volta finito il lavoro e verificata l'assenza di problemi (come i tipici "archi appesi"), tramite gli strumenti topologici del software a disposizione si provvede a generare i poligoni.
I poligoni così generati non hanno lati duplicati... per essere chiari: due poligoni contigui, digitalizzati topologicamente, avranno un lato (fisicamente costituito da un solo arco) in comune e si muoveranno in maniera solidale.
Nel tuo caso, a parte ridigitalizzare la carta (cosa che comunque ti consiglio... anche se ci vuole del lavoro), per sistemare la situazione dovrai spostare sempre n poligoni (minimo due) a seconda della posizione che hanno sulla carta e quindi rispetto agli altri in modo da tappare di volta in volta i buchi che dicevamo poche righe sopra...
A questo punto, se quello che ho detto ti pare sanscrito antico, tranquilla... tu sei agli inizi e le regole topologiche (e la loro applicazione pratica) fanno parte dei concetti cosiddetti avanzati.
Se hai modo di farti aiutare da un operatore esperto (ma davvero esperto *in GIS*, che sappia anche la teoria... non un "praticone") il mio consiglio è quello di rifare la digitalizzazione per bene.
Nel caso, occhio al modello dati: lo shape non è topologico, se usi ArcGIS devi affidarti al modello dati geodatabase > feature dataset > feature class.
ciao (e scusa il post chilometrico), alessio
