Carica il tuo raster in arcmap, clicca col tasto destro sul nome (che compare nella TOC di arcmap, a sinistra) e scegli la voce properties dal menu.

Se vuoi rendere tutto il raster trasparente vai nella scheda "Display" e definisci una percentuale di trasparenza.

Se vuoi rendere trasparente solo la parte bianca vai nella scheda "Symbology", seleziona Classified al posto di Stretched per la modalità di visualizzazione del file raster, fai doppio click sul rettangolo bianco e scegli "No color" nella palette.
A questo punto dai Applica o OK