Salve a tutti!
Ho risolto seguendo il suggerimento di Enrico Bonino e smanettando un pò!
Si tratta di prendere lo shape di punti costruito con il profiler, dove ci sono, per ciascun punto la X, la Y la quota e la distanza e da questo ricavare un nuovo shape (add X, Y event) ponendo come campo X la quota e come campo Y la distanza.
Unico problemino: lo shape di punti ottenuto non lo riesco a convertire in linea con arcgis.
Questo è risolvibile usando l'X tools pro come suggerito da Enrico, che fa senza problemi la conversione, et voilà, il profilo topografico in formato shape è fatto!