La soluzione di MODFLOW è iterativa, nel senso che perviene alla piezometria finale attraverso più iterazioni.
In funzione del carico idraulico iniziale (quello utilizzato come base per la prima iterazione), è possibile che nel corso delle varie iterazioni quelle celle vadano effettivamente in secca.
Il problema è che di default nel momento in cui una cella va in secca, MODFLOW te la segna come inattiva e non la riattiva più, anche se poi il carico piezometrico sale sopra la base della cella.
Puoi modificare questa impostazione, agendo sulle opzioni di "rewetting".
Nel tuo caso, quindi:
- cerca di assegnare un carico idraulico iniziale già simile a quella che pensi sarà la piezometria finale
- cambia le opzioni di rewetting.

Ciao

Stefano Zanarello