Io uso entrambi e ho lavorato come tutor per qualke ente riguardo ad autocad map 3d 2009.
Quest'ultimo ha molte funzioni per la correzione cartografica (molto interessanti), ma la creazione di shape files di archi, poligoni ecc.... segue delle procedure più complicate e a volte poco intuitive.
Onestamente nella mia esperienza accumulata, le persone con le quali mi sono interfacciato preferiscono ARCGIS.
Anch'io confermo questa sensazione, ciò nonostante utilizzo Autocad map come cad, ma per il GIS uso la release della ESRI.

Ciao