La normativa in materia di bonifiche mette a carico del soggetto che ha cagionato l'inquinamento gli oneri economici e giuridici relativi però se il soggetto non è in grado di pagare (e la modalità d'acquisto del terreno mi fa pensare che la situazione sia questa) tali oneri si ribaltano sulla proprietà o sulla comunità ma solo laddove è OBBLIGATORIA la bonifica.

Esistono presupposti di obbligatorietà? La bonifica è obbligatoria solo laddove i valori analitici superano la destinazione d'uso attuale o prevista per il sito quindi l'acquisto di un sito a destinazione d'uso industriale non presuppone l'obbligatorietà d'indagine se non nei seguenti casi:

1) palesi riscontri d'inquinamento anche visivi
2) volontà di cambiare la destinazione d'uso da industriale a residenziale
3) il Comune richiede un'indagine in base alla storia del sito e al sospetto che possano esserci problemi ambientali connessi.

Dal tuo post non è chiaro se l'idagine è stata "imposta" dagli Enti o se è una vostra iniziativa. Prima di continuare quindi sarebbe meglio definire i contorni e la strada che intendete o dovete seguire.

Supponiamo, per discutere, che sia una vostra iniziativa.

Dall'indagine (che vi consiglio di eseguire di concerto con Arpa e Comune fin dalla presentazione del piano d'indagine senza però aprire, per il momento, alcun procedimento con notifica) possono emergere i seguenti risultati:

1) il sito non è inquinato (nessun superamento dei limiti ad uso residenziale). Gli oneri dell'indagine sono a vostro completo carico. Avete avuto fortuna la cosa si chiude lì.
2) il sito è inquinato per uso residenziale ma non lo è per uso industriale: se volete portarlo ad uso residenziale gli oneri della bonifica sono solo vostri. Se volete, invece, costruirci sopra un capannone o una palazzina d'uffici siete a posto e ancora pagate le indagini ma non potete rivalervi su nessuno.
3) il sito è inquinato a uso industriale: gli oneri della bonifica sono a carico di chi ha inquinato.

Il documento contrattuale in questo caso non ha valore qualsiasi sia lo scritto in questione perchè, anche ci fosse una manleva economica, l'accordo tra parti private non può sollevare la parte responsabile dalla sua stessa responsabilità. Solo nel caso di deposito fidejussorio in sede d'acquisto e da parte del venditore a beneficio dell'acquirente per attività di bonifica tale manleva (esclusivamente economica) potrebbe avere senso. In altro caso dopo la segnalazione da parte vostra dello stato d'inquinamento all'Ente Competente (il Comune, in Regione Lombardia) lo stesso ha l'obbligo di comunicare alla Provincia la situazione e la Provincia ha l'obbligo di accertare le responsabilità inerenti.

Il concetto di "visto e piaciuto" non può applicarsi al sottosuolo perchè l'inquinamento sottende una responsabilità civile diretta e tale responsabilità da civile può, nel caso di inadempimento, diventare penale. Un transazione commerciale NON PUO' transare tale responsabilità in alcun modo da un soggetto ad un altro anche in assenza di esplicite clausole di questo tipo, anzi a maggior ragione in tale assenza vale la legge dello Stato: chi inquina paga.

Francamente spero di aver risposto in modo chiaro ma non ne sono sicuro quindi per qualsiasi altra informazione sarebbe necessario circostanziare meglio la situazione e sapere qualcosa in più.