Puoi usare coloranti come la fluorescina, ma anche sostanze come cloruri (sodio, potassio ecc.), isotopi radioattivi e detergenti. Avevo anche letto dell'uso di lieviti ma non so quanto sia diffuso e praticabile.
In ogni modo usa qualcosa che non sia chimicamente simile alle sostanze inquinanti che ti aspetti possano essere presenti nell'acqua di falda, altrimenti non riesci a riconoscere la presenza del tracciante e calcolare i tempi di arrivo. Ad esempio, io non userei dei cloruri se nella falda sospetto la presenza di solventi clorurati.
Pero' l'uso dei traccianti non e' cosi' semplice, sia tecnicamente che a livello legistativo. Ad esempio qua in Inghilterra devi avere un permesso per immettere sostanze in falda, non so in Italia ma penso che la legislazione sia la stessa a protezione della risorsa.