WhAEM2000 è un bel programmino, intuitivo e gratuito. Si basa però su un approccio analitico bidimensionale semplificato (giusto per dirne una, non puoi tenere in considerazione pozzi che penetrano parzialmente l'acquifero).
Se vuoi qualcosa di più potente, flessibile e credibile, devi andare su Modflow.
Se vuoi rimanere su qualcosa di gratuito, prova a guardare Processing Modflow.

Stefano Zanarello