Per cominciare, potresti smanettare un po' con il tutorial di Visual Modflow che è fatto molto bene e permette già di fare conoscenza con molti comandi.
Ci metti 2-3 ore e magari risparmi qualche centinaio di euro!
Meglio investire i nostri euri in qualche corso avanzato...

Per la teoria di Visual Modflow o cmq del flusso e trasporto in falda, non ti saprei dire perchè io l'ho studiata nei corsi universitari (faccio il 2° anno di dottorato in Ing. Ambientale).
Il Reference Manual di FEFLOW è fatto veramente bene:
http://www.feflow.info/uploads/media/feflow_reference_manual.pdf
mentre quello di Modflow mi sembra un po' "nasty".

Alessandro Casasso
Dottorando
DITAG - Politecnico di Torino